El espacio dispone de más de 2.000 para exposición, así como espacios para actividades de difusión para escolares y para la investigación, entre otros. "Será un museo vivo que resumirá las nuevas investigaciones que se llevan a cabo en el Convenio de Betancuria y en el islote de Lobos, que están poniendo sobre la mesa conocimientos que hasta hace poco no se tenían sobre la vida en Fuerteventura antes de la Conquista", dijo Marcial Morales. "Con este museo la Isla contará con dos espacios museísticos para dar a conocer la historia prehispánica de Fuerteventura y los siglos posteriores a la Conquista, en el museo que estará en la Casa de los Coroneles con un proyecto del Gobierno de Canarias".

Por su parte, Marcelino Cerdeña dijo que el Museo Arqueológico insular "será para Betancuria un gran avance para el municipio y para la gente que nos visite".
El edificio está distribuido en tres niveles. El nivel inferior, consta de una sala expositiva, el taller y almacén. El nivel intermedio consta de una sala expositiva y un salón de actos. El nivel superior consta de una sala de exposición temporal, la cafetería y la terraza.

Las formas de vida de los antiguos pobladores de Fuerteventura, así como el papel que tuvo la mujer, los sistemas de enterramiento y los juegos forman parte de la exposición del Museo Arqueológico que acercará a los visitantes a la historia prehispánica de la Isla.