Esta entidad está organizada mediante una Asamblea General, un Comité Ejecutivo, una Secretaría y cinco grupos de trabajo. La componen las organizaciones que representan al sector pesquero, de la transformación y comercialización cuya representación supone el 60% de los miembros del CC-RUP, así como a grupos afectados por la política pesquera común, en un 40%. Estas organizaciones pertenecen a las regiones de Azores y Madeira de Portugal, Guadalupe, Martinica, Guayana Francesa, Reunión y Mayotte de Francia y por parte de España las islas Canarias.
En la reunión de la Asamblea General celebrada el día de hoy, con la asistencia de una representación de la Consejería de Agricultura, Ganadería y Pesca del Gobierno de Canarias, han sido elegidos los miembros del Comité Ejecutivo del CC-RUP, recayendo la presidencia de este órgano rector en el herreño David Pavón González, a su vez presidente de la Federación Regional de Cofradías de Pescadores de Canarias.
Entre las funciones del CC-RUP se encuentran las de informar a la Comisión Europea, así como al Estado miembro interesado, sobre los problemas de gestión, socioeconómicos y de conservación relativos a la pesca y la acuicultura de las regiones ultraperiféricas, proponiendo soluciones para resolverlos.
La consejera de Agricultura, Ganadería y Pesca del Gobierno de Canarias, Alicia Vanoostende, quiso felicitar a David Pavón por asumir la presidencia del Comité Ejecutivo de la CC-RUP. Vanoostende señaló que "tras muchos meses de intenso trabajo coordinado con el sector, esta es una muy buena noticia para la pesca y la acuicultura de Canarias para las que se acaba de abrir un importante canal directo de comunicación desde el cual trasladar sus singularidades y peticiones ante la Comisión Europea".