La escuela estará dividida orgánicamente en dos secciones: una dedicada a los estudios de doctorado y otra centrada en los estudios de máster, tanto oficiales como de carácter propio. Inicialmente, su sede administrativa estará en el Edificio Central de la ULL, justo donde ahora se ubica la Comisión de Posgrado de la institución.
Adicionalmente, se contará con varios espacios repartidos por todos los campus para poder desarrollar las actividades formativas contempladas en cada título. Para ello se espera contar, entre otras infraestructuras, con los salones de grado de las diferentes facultades y escuelas, en los que radicarán las acciones formativas de los programas oficiales de doctorado, tanto de carácter transversal como específicas.
Tal y como recoge el Reglamento de Enseñanzas de Doctorado de la ULL, publicado en el Boletín Oficial de Canarias del 25 de enero de 2013, en el cual ya se apuntan las características generales de la futura Escuela de Doctorado y Estudios de Posgrado, la entidad dispondrá de un Comité de Dirección, que se encargará de su organización y gestión. El director del centro será nombrado por el rector y deberá ser un investigador de reconocido prestigio, condición avalada por estar en posesión de, al menos, tres períodos de actividad investigadora reconocida, o méritos equivalentes.
El nuevo centro, una vez creado, tendrá que elaborar su propio reglamento de régimen interno en el que se establecerán, entre otros puntos, los derechos y deberes de los estudiantes de posgrados y doctorados, de los tutores y profesores y de las comisiones académicas a cargo de los diferentes estudios impartidos. Como cualquier otro centro de la ULL, esta escuela contará con la dotación de personal administrativo necesaria para que pueda desarrollar su actividad de manera eficaz.