Una vez autorizada por el Gobierno, la distribución territorial de estos fondos será sometida a aprobación de la Conferencia Sectorial de Agricultura y Desarrollo Rural. El reparto efectivo dependerá de la existencia o no de remanentes con las distintas comunidades autónomas.
En sanidad vegetal, se destinan 9.323.190 euros, de los cuales 153.761 euros corresponden a Canarias, para la ejecución de programas que permitan el control y posterior erradicación de determinadas plagas y enfermedades de los vegetales que repercuten en la economía del sector agrario y en las explotaciones agrícolas. Esta aportación incluye la financiación de los laboratorios colaboradores con los programas nacionales de prospecciones fitosanitarias, cuarentena y erradicación y de distintos programas de vigilancia y control de plagas.
En sanidad animal, se distribuyen 9.758.280 euros, para apoyar la financiación de programas de control y erradicación de enfermedades de los animales que
repercusiones en la salud pública y en las exportaciones de productos ganaderos. De ellos, 7.034 euros son para Canarias.
Estos fondos irán destinados a la indemnización por sacrificio obligatorio de animales afectados por enfermedades como la tuberculosis y brucelosis bovina, ovina y caprina; al apoyo a la repoblación de explotaciones que hayan tenido que someterse a vaciado sanitario a consecuencia de estas enfermedades y a los programas de vigilancia de la encefalopatía espongiforme transmisible.