En la actualidad, esta especie ha desaparecido casi por completo de todos los lugares en los que era habitual verla, como es el caso de todo el Mediterráneo, Marruecos, Mauritania, el Sahara Occidental, Canarias, Madeira y Azores, y su población se ha reducido a menos de 700 ejemplares, fragmentados en varias subpoblaciones, lo que la convierten en una de las focas más amenazadas del planeta. La muerte accidental en artes de pesca y la degradación de su hábitat sigue siendo la mayor amenaza para la supervivencia de esta especie, que sufrió un durísimo golpe en 1997 cuando 200 ejemplares murieron en la colonia de Cabo Blanco (Mauritania/Marruecos) a causa de una marea roja.
El proyecto que promueve Loro Parque Fundación se centra en una pequeña población (estimada en unos 25 ejemplares) y que se localiza en las islas Desertas, aunque se ha podido comprobar que desde allí se mueven alrededor toda la isla de Madeira. Asimismo, el director del Programa de Conservación de la Foca Monje de la fundación CBD Habitat, Pablo Fernández de Larrinoa, considera que "la cooperación público-privada en la conservación de esta especie es lo que la salvará de la extinción, tanto a nivel de financiación de las instituciones comunitarias y de los países involucrados, como de empresas privadas con sensibilidad sobre la pérdida de biodiversidad global en el planeta". Igualmente ocurre "a nivel de ejecución de los trabajos de conservación, donde la participación ciudadana de forma coordinada y dirigida, es cada vez más importante para complementar y ayudar a los profesionales", según ha puntualizado.
De esta manera, Loro Parque Fundación colaborará en el proyecto de marcaje de focas con brazaletes equipados con receptores GPS, que permiten hacer un seguimiento de los ejemplares y determinar las zonas de hábitat crítico, y que servirán a las autoridades de Madeira para establecer medidas de protección más eficaces. Este sistema de seguimiento también será útil para determinar las áreas y profundidades de alimentación de los ejemplares y determinar su grado de solapamiento con las actividades pesqueras.
Los expertos también indican que hay que tener en cuenta que la población de Madeira está absolutamente aislada en el archipiélago y no hay posibilidad actual de conexión. Además, y debido a la presión humana sobre su hábitat óptimo, la foca monje del Mediterráneo vive refugiada en cuevas con playas de piedras y costas escarpadas de difícil acceso. Este tipo de hábitat crea graves problemas para la conservación y el mantenimiento de los brazaletes GPS, lo que implica continuos retos para el equipo de campo.
Otra vertiente del proyecto es la monitorización de cuevas mediante foto-trampeo, para establecer cuáles son usadas por las focas para criar, y establecer, así, medidas de protección. Estas cuevas están también sometidas a condiciones extremas de presión debido al oleaje, que, unido a las salpicaduras de agua de mar, crean también nuevos retos para la tecnología de foto-trampeo.
Si bien todos los esfuerzos están dando sus frutos, en los próximos años habrá que mantener el compromiso y verificar que la tendencia de aumento poblacional continúa para poder ser optimistas en la recuperación de la especie. En este sentido, la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) prevé realizar la siguiente reevaluación del grado de amenaza de la especie en 2020. Estas evaluaciones son especialmente importantes en el contexto del cambio climático global, cuyos efectos podrían afectar gravemente a especies amenazadas con poblaciones reducidas y fragmentadas.