En la documentación oficial se hace constar el desfase provocado con respecto a la aprobación inicial del presupuesto por la decisión del Estado de reducir las cuantías destinadas al Convenio de Obras Hidráulicas, que en el momento de elaborar el presupuesto eran 37 millones de euros y quedaron limitados por el Ministerio a 23 millones. La cantidad acordada en la comisión de seguimiento de este convenio para 2013 fue ejecutada por este departamento al 100%.
Además, se cumplieron los presupuestos al 100% en los programas de calidad agroalimentaria, investigación y desarrollo tecnológico agrario, formación profesional marítimo pesquera y capacitación agraria. El resto de programas tuvieron una ejecución muy alta, que supera, en su mayoría el 95%.
Cabe destacar que en el grueso de la gestión del departamento se desarrolla a partir de fondos europeos que alcanzaron también altos niveles de ejecución.
