En 1589 Felipe II designa al primer Capitán General de Canarias, Don Luis de la Cueva y Benavides, hombre de su total confianza para garantizar la defensa de la soberanía e integridad de las Islas Canarias. Curiosamente se establece su sede en las Palmas de Gran Canaria y como también presidente de la Audiencia que era, fijó su residencia en el chaflan que formaban las calles de Santa Clara (hoy Domingo Denis) y los Remedios (hoy San Nicolas).
A pesar de mantener en Las Palmas de Gran Canaria la sede de la Audiencia, en 1656, Alonso Dávila traslada la Capitanía a Tenerife aún sin tener autorización expresa para ello. El primer capitán general que obtiene la autorización para residir fuera de Las Palmas de Gran Canaria fue Jerónimo de Benavente y Quiñones, quien la fijó en la ciudad de La Laguna.